Šlapimo nuosėdų mikroskopija – mikroskopinė nuosėdų analizė. Jei bendrajame šlapimo tyrime analizatoriumi randama pakitimų, šlapimą reikia įvertinti ir mikroskopu. Gali būti matomos įvairios druskos ir kristalai (dėl akmenligės, podagros), bakterijos, audinių dalys ir ląstelės.